Forcite后处理之那些分离绿豆和黄豆 - 绿豆

TUhjnbcbe - 2021/12/30 21:21:00

本期内容主要针对使用MS软件的小伙伴，非MS用户可以略过本期内容。在使用MS进行动力学研究时，通常为了方便后处理，我们会在搭建晶胞的时候就对各个片段进行命名，这样可以方便算完后再做RDF之类的分析的时候定义Set。但是，总有忘了的时候，那么后期如何补救？本期针对的是已经有一定的MS-Forcite使用经验的同学，只谈经验思路。如果胞内有2种及以上的分子，如何挑选出某种分子？1.假设要选的分子含有独特的某种元素，可以通过AtomSelection功能里面的Element=X的功能选出所有的X元素原子，然后通过selectfragment补齐分子，即可将所有的待选分子选上，接下来将其进行newset就好2.假设分子中含有=O其他分子中含有-O-，此时可以通过AtomSelection功能里面的ForcefieldType=X进行筛选。至于=O是什么ForcefieldType，可以点击某个=O然后在属性窗口Atom中看到，比如某羰基氧在COMPASS力场中ForcefieldType为o1=。筛选出=O后再去selectfragment补齐分子就OK了。3.假设带的氧都是一类的，力场都一样，此时可以点一下看看氧上面的电荷是不是和其他分子的电荷一样，如果不一样，可以通过AtomSelection功能里面的charge=X进行筛选，下面的不赘述。4.如果哪都试了，不行！可以通过FindPatterns进行选取。简单说一下操作，先把一开始做非晶胞的时候的某分子的xsd打开，如果不打开待会儿在FindPatterns中是找不到该xsd的。然后打开需要处理的轨迹文件xtd，再Edit

FindPatterns，在Patterndocument中找到前面作为模板的xsd文件，Matchproperty选择ElementType，点击Find按钮，然后就能够把所有的某分子都“选上了”，其实此时并没有被选上，这里是一个易错点。此时还需要右击空白处选择SelectSubstructureItems,这时候才是真正的选上了，此时才可以进行设置Set操作。有了以上的小技巧，在选分子阶段基本不会遇到困难了。如何去选择分子中某类原子？但是，大多数时候我们是需要选取某分子中的具体某个原子进行分析的，如何去选择分子中某类原子？比如某分子中既有羰基氧又有羟基氧，还有醚氧，如何选择自己需要的氧？这里的思路很固定。1.首先将上面选分子阶段的set调出来，然后点击select将需要进一步选取的分子选取出来。2.然后使用AtomSelection通过charge，element，ForcefieldType选取需要的原子，此时注意将Selectionmode设置为Selectfromtheexistingselection，就能够把需要的原子选上并建立Set。当然，如果可以一步到位把某原子选出，其实可以不用先选分子再选原子这么整。具体大家根据自己的体系变通即可。MS作为成功的商业软件，在这个方面做得特别好，大家根据AtomSelection的具体项目结合FindPatterns功能并合理设置Selectionmode，再阶段性设置Set，其实可以玩出花来，只要能够清楚知道自己要什么，总能通过方法组合把要的全部选出。以上是我的一些经验，希望对大家有些许帮助。热文榜单国内首发！VESTA精简视频教程！想领取？戳！STA国内首发！VESTA精简视频教程！想领取？戳！SSTASTA1国内首发！VESTA精简视频教程！想领取？戳！

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